Prospecção in silico e caracterização físico-química de peptídeos antimicrobianos (AMPs) de Linum usitatissimum L., Oryza sativa L. e Triticum aestivum L. - Bezerra, Lara Vitória da Costa (Brasil, 2024)
Os peptídeos antimicrobianos (AMPs) estão presentes em plantas, animais e microrganismos e são importantes na defesa contra patógenos (por ex. atividade antifúngica e antibacteriana). Além disso, podem participar da regulação e do crescimento vegetal, adaptação a condições ambientais, comunicação celular, entre outros. As espécies vegetais Linum usitatissimum L. (linho), Oryza sativa L. (arroz) e Triticum aestivum L. (trigo) apresentam grande potencial econômico, agronômico e medicinal, porém, estudos referentes à presença de AMPs nestas plantas ainda é limitado. Levando esse fator em consideração, essa pesquisa teve por objetivo identificar, caracterizar e realizar a predição de estruturas tridimensionais de AMPs do arroz, trigo e linho, com a utilização de ferramentas de bioinformática. Com isso, o objetivo deste trabalho foi obter um perfil para cada classe de AMPs presentes nas espécies estudadas. Para atingir estes objetivos, inicialmente foi realizada uma busca nos bancos de dados PlantPepDB e Phytozome por sequências de AMPs de Linum usitatissimum, Oryza sativa e Triticum aestivum. Esta pesquisa resultou em 50, 18 e 19 sequências de AMPs, de linho, trigo e arroz, respectivamente, totalizando 87 sequências. Posteriormente, os dados foram submetidos a análise das propriedades físico-químicas com o biopython e as sequências foram verificadas quanto a presença de domínios conservados com o CDD e HMMER. Os resultados indicaram que o LTP foi a classe de AMPs mais abundante entre todas as espécies. Essas sequências foram então modeladas no ColabFold e seus aminoácidos foram analisados através das ferramentas WebLogo e M-Coffee. Este conhecimento possibilitará uma compreensão maior referente a diversidade dos peptídeos antimicrobianos presentes no arroz, trigo e linho.
Keywords: CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOTECNOLOGIA; AMPs; Bioinformática; Plantas; Bioinformatics; Plants