Estudo da formação de proteína corona em nanopartículas de ouro com uso do web-servidor de docking molecular: patchdock - Santos, Filipe Lima dos (Centro de Ciências Exatas e Naturais - CCEN, 2022)
Nanopartículas de ouro (AuNPs) são sistemas nanométricos com comprimentos de até 100 nm em pelo menos uma das suas dimensões. O interesse nesse tipo de material deve-se as suas notórias características, podendo atuar no tratamento e diagnóstico de di- versos tipos de câncer. Um efeito bastante interessante que ocorre quando esses materiais estão presentes no meio biológico é a formação de uma coroa de proteínas em sua super- fície denominada de proteína corona. Esse efeito pode ser estudado a partir de técnicas in vitro, in vivo, e in silico. As técnicas de docking são ferramentas de estudo in silico que servem para tentar prever a melhor interação entre duas moléculas em um meio e, assim, determinar as propriedades dessa iteração. Essas técnicas podem estar contidas em pacotes computacionais, ou em servidores disponíveis em páginas HTTP. A maioria dos servidores web que trabalham com o docking de moléculas estão limitados a traba- lharem com o encaixe de componentes de tamanhos bem inferiores em comparação com as nanopartículas. No presente trabalho foram analisados servidores capazes de encaixar uma molécula proteica em uma nanopartícula, determinando as melhores possibilidades de encaixe que podem ocorrer entre proteínas de maior abundância no corpo humano como, por exemplo, a albumina sérica (6WUW, HSA) e a lisozima (1REX, LSM), e na- nopartículas de forma coloidal e com tamanhos de 3, 4, 6, 8 e 16 nanometros. A partir dos servidores estudados, concluímos que o único Web-Servidor capaz de realizar o en- caixe proteína@nanopartícula de forma isolada foi o PatchDock. A partir das análises dos encaixes realizados por ele foi possível perceber que com o aumento do diâmetro das nanopartículas a lisozima reduz os graus de liberdade de iteração de sua molécula com a nanopartícula, e vai ganhando uma maior acomodação na superfície da nanopartícula, mas com a albumina ocorre o efeito contrário a albumina se acomodou a superfície das nanopartículas de menor diâmetro com maior afinidade do que nas nanopartículas maio- res. Os resultados mostraram que em geral a proteína albumina tem mais afinidade com as nanopartículas de ouro quando comparada com a lisozima
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