Prospecção in silico e caracterização físico-química de peptídeos antimicrobianos (AMPs) de Linum usitatissimum L., Oryza sativa L. e Triticum aestivum L.
| dc.contributor.advisor | Quintans, Isadora Louise Alves da Costa Ribeiro | |
| dc.contributor.author | Bezerra, Lara Vitória da Costa | |
| dc.contributor.referee1 | Quintans, Isadora Louise Alves da Costa Ribeiro | |
| dc.contributor.referee2 | Oliveira, Amanda Gondim de | |
| dc.contributor.referee3 | Lima, James Lucas da Costa | |
| dc.coverage.spatial | Mossoró | |
| dc.date.accessioned | 2024-07-31T20:06:13Z | |
| dc.date.available | 2024-07-31T20:06:13Z | |
| dc.date.issued | 2024-04-17 | |
| dc.description.abstract | Os peptídeos antimicrobianos (AMPs) estão presentes em plantas, animais e microrganismos e são importantes na defesa contra patógenos (por ex. atividade antifúngica e antibacteriana). Além disso, podem participar da regulação e do crescimento vegetal, adaptação a condições ambientais, comunicação celular, entre outros. As espécies vegetais Linum usitatissimum L. (linho), Oryza sativa L. (arroz) e Triticum aestivum L. (trigo) apresentam grande potencial econômico, agronômico e medicinal, porém, estudos referentes à presença de AMPs nestas plantas ainda é limitado. Levando esse fator em consideração, essa pesquisa teve por objetivo identificar, caracterizar e realizar a predição de estruturas tridimensionais de AMPs do arroz, trigo e linho, com a utilização de ferramentas de bioinformática. Com isso, o objetivo deste trabalho foi obter um perfil para cada classe de AMPs presentes nas espécies estudadas. Para atingir estes objetivos, inicialmente foi realizada uma busca nos bancos de dados PlantPepDB e Phytozome por sequências de AMPs de Linum usitatissimum, Oryza sativa e Triticum aestivum. Esta pesquisa resultou em 50, 18 e 19 sequências de AMPs, de linho, trigo e arroz, respectivamente, totalizando 87 sequências. Posteriormente, os dados foram submetidos a análise das propriedades físico-químicas com o biopython e as sequências foram verificadas quanto a presença de domínios conservados com o CDD e HMMER. Os resultados indicaram que o LTP foi a classe de AMPs mais abundante entre todas as espécies. Essas sequências foram então modeladas no ColabFold e seus aminoácidos foram analisados através das ferramentas WebLogo e M-Coffee. Este conhecimento possibilitará uma compreensão maior referente a diversidade dos peptídeos antimicrobianos presentes no arroz, trigo e linho. | |
| dc.description.abstract2 | Antimicrobial peptides (AMPs) are found in plants, animals, and microorganisms and play a crucial role in defense against pathogens, exhibiting antimicrobial activities such as antifungal and antibacterial properties. Additionally, they may participate in plant growth regulation, adaptation to environmental conditions, cellular communication, among other functions. Species such as Linum usitatissimum L. (flax), Oryza sativa L. (rice), and Triticum aestivum L. (wheat) hold significant economic, agronomic, and medicinal potential. However, studies regarding the presence of AMPs in these plants remain limited. Taking this into consideration, this research aimed to identify, characterize, and predict the three-dimensional structures of AMPs from rice, wheat, and flax using bioinformatics tools. The objective was to establish a profile for each class of AMPs present in the studied species. To achieve these objectives, an initial search was conducted in the PlantPepDB and Phytozome databases for AMP sequences from Linum usitatissimum, Oryza sativa, and Triticum aestivum. This search yielded 50, 18, and 19 AMP sequences from flax, wheat, and rice, respectively, totaling 87 sequences. Subsequently, the data underwent analysis of physicochemical properties using Biopython, and the sequences were screened for the presence of conserved domains using CDD and HMMER. The results indicated that lipid transfer protein (LTP) was the most abundant class of AMPs among all species. These sequences were then modeled using ColabFold, and their amino acids were analyzed using WebLogo and M-Coffee tools. This knowledge will provide a better understanding of the diversity of antimicrobial peptides present in rice, wheat, and flax. | |
| dc.format.mimetype | ||
| dc.identifier.bibliographicCitation | BEZERRA, Lara Vitória da Costa. Prospecção in silico e caracterização físico-química de peptídeos antimicrobianos (AMPs) de Linum usitatissimum L., Oryza sativa L. e Triticum aestivum L. 2024. 58 f. TCC (Graduação) - Curso de Biotecnologia, Centro de Ciências Biológicas e da Saúde, Universidade Federal Rural do Semi-Árido, Mossoró, 2024. | |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.ufersa.edu.br/handle/prefix/11058 | |
| dc.language.iso | pt_BR | |
| dc.publisher.center | Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS | |
| dc.publisher.country | Brasil | |
| dc.publisher.initials | UFERSA | |
| dc.publisher.institution | Universidade Federal Rural do Semi-Árido | |
| dc.relation.uri | 58 f. | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | en |
| dc.rights.holder | UFERSA | |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/br/ | |
| dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOTECNOLOGIA | |
| dc.subject.keyword | AMPs | |
| dc.subject.keyword | Bioinformática | |
| dc.subject.keyword | Plantas | |
| dc.subject.keyword | Bioinformatics | |
| dc.subject.keyword | Plants | |
| dc.title | Prospecção in silico e caracterização físico-química de peptídeos antimicrobianos (AMPs) de Linum usitatissimum L., Oryza sativa L. e Triticum aestivum L. | |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |