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metadata.dc.type: Dissertação
Title: Diversidade genética de macrophomina phaseolina e o efeito do óleo essencial de cymbopogon flexuosus no seu crescimento in vitro
metadata.dc.creator: Dias, Atarrissis Morais
metadata.dc.contributor.advisor1: Holanda, Ioná Santos Araújo
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Sales Júnior, Rui
metadata.dc.contributor.referee1: Ambrósio, Márcia Michelle Queiroz
metadata.dc.contributor.referee2: Negreiros, Andréia Mitsa Paiva
metadata.dc.contributor.referee3: Souza, Matheus de Freitas
metadata.dc.description.resumo: O fungo Macrophomina phaseolina é considerado um dos principais agentes etiológicos do colapso das ramas, uma das principais doenças que afetam a cultura do melão. Esse patógeno é considerado de difícil controle e devido a esse fator tornam-se necessários estudos que auxiliem no entendimento sobre sua variação genética e alternativas de controle. Os objetivos deste estudo foram avaliar a diversidade genética dos isolados de M. phaseolina e verificar o efeito do óleo essencial de Cymbopogon flexuosus (capim limão indiano) no crescimento in vitro dos isolados 5 e 29. Os DNAs dos 30 isolados foram extraídos de acordo com o protocolo do kit de extração de DNA NucleoSpin Microbial. Dos 100 primers pré analisados 13 primers do marcador DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) foram selecionados para a realização da diversidade genética. As análises para a obtenção do dendograma foram realizadas pelo programa NTSYS. Todos os isolados foram confirmados pela análise molecular a partir dos primers genes específicos que amplificaram bandas de DNA específicas de aproximadamente 350 pb. Um total de 135 bandas foram amplificadas onde 97(71,85%) foram consideradas polimórficas com uma média de 7,5 fragmentos polimórficos por iniciador. O grau de similaridade genética variou de 0,23 a 0,92 cujo valor da correlação cofenética foi r = 0, 84, o que demonstra uma boa confiabilidade entre os dados da matriz e o dendograma. O dendograma gerado indicou a formação de quatro grupos principais entre os isolados os quais não foram agrupados de acordo com a origem ou local de coleta. Esse fato pode está relacionado à evolução dos ancestrais entre os grupos. As análises com o óleo essencial (OE) de C. flexuosus foram conduzidas em delineamento experimental inteiramente casualizado (DIC), com dois isolados distantes geneticamente (5 e 29), seis concentrações de OE (0,02; 0,05; 0,10; 0,15; 0,20 e 0,25%) uma testemunha negativa (meio BDA) e uma testemunha positiva (meio BDA + fungicida Maxim) com oito repetições para cada tratamento. Foram realizadas medições diárias do diâmetro da colônia em dois sentidos perpendiculares. Os dados obtidos foram interpretados por meio de uma equação de logística de quatro parâmetros e as médias foram comparadas pelo teste de Mann Whitney, a 5% de probabilidade. No óleo essencial de C. flexuosus a partir da concentração 0,15% houve uma inibição total no crescimento in vitro nos dois isolados de M. phaseolina avaliados. Isso representa um resultado promissor no que tange a utilização futura do óleo essencial no controle do patógeno. Não houve diferença estatística significativa do óleo essencial de C. flexuosus nos isolados 5 e 29, o que demonstra a eficiência desse OE entre os dois isolados estudados. Com este trabalho pode-se concluir que o marcador RAPD foi considerado adequado para avaliar a diversidade genética dos isolados estudados e que o OE de C. flexuosus foi considerado eficiente na inibição do crescimento in vitro nos isolados de M. phaseolina avaliados
Abstract: The fungus Macrophomina phaseolina is considered one of the main etiological agents of the collapse of the branches, one of the main diseases that affect the culture of the melon. This pathogen is considered difficult to control and due to this factor, studies are needed to help understand its genetic variation and control alternatives. The objectives of this study were to evaluate the genetic diversity of M. phaseolina isolates and to verify the effect of Cymbopogon flexuosus essential oil (Indian lemon grass) on in vitro growth of isolates 5 and 29. The DNAs of the 30 isolates were extracted according to the NucleoSpin Microbial DNA extraction kit protocol. Of the 100 primers pre-analyzed, 13 primers from the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) marker were selected to perform genetic diversity. The analyzes for obtaining the dendogram were performed using the NTSYS program. All isolates were confirmed by molecular analysis from specific gene primers that amplified specific DNA bands of approximately 350 bp. A total of 135 bands were amplified where 97 (71.85%) were considered polymorphic with an average of 7.5 polymorphic fragments per primer. The degree of genetic similarity ranged from 0.23 to 0.92, whose co-phenetic correlation value was r = 0.84, which demonstrates the presence of genetic variability between the isolates and a good reliability between the matrix data and the dendogram. The generated dendogram indicated the formation of four main groups among the isolates which were not grouped according to the origin or place of collection. This fact may be related to the evolution of ancestors between the groups. The analyzes with the essential oil (OE) of C. flexuosus were conducted in a completely randomized experimental design (DIC), with two distant isolates genetically (5 and 29), six concentrations of OE (0.02; 0.05; 0.10; 0.15; 0.20 and 0.25%) a negative control (BDA medium) and a positive control (BDA medium + Maxim fungicide) with eight repetitions for each treatment. Daily measurements of the colony diameter were performed in two perpendicular directions. The data obtained were interpreted using a fourparameter logistic equation and the averages were compared using the Mann Whitney test, at 5% probability. In the essential oil of C. flexuosus from the concentration 0.15%, there was a total inhibition in growth in vitro in the two isolates of M. phaseolina evaluated. This represents a promising result regarding the future use of essential oil to control the pathogen. There was no statistically significant difference in the essential oil of C. flexuosus in isolates 5 and 29, which demonstrates the efficiency of this OE between the two isolates studied. With this work it can be concluded that the RAPD marker was considered adequate to assess the genetic diversity of the studied isolates and that the C. flexuosus OE was considered efficient in inhibiting growth in vitro in the evaluated M. phaseolina isolates
Keywords: Capim limão indiano
Fungo
PCR
RAPD
Indian lemon grass
Fungi
PCR
RAPD
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS
metadata.dc.language: por
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Universidade Federal Rural do Semi-Árido
metadata.dc.publisher.initials: UFERSA
metadata.dc.publisher.department: Centro de Ciências Agrárias - CCA
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Fitotecnia
Citation: Dias (2020) (DIAS, 2020)
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
URI: http://repositorio.ufersa.edu.br/handle/prefix/5540
Issue Date: 29-Apr-2020
Appears in Collections:MESTRADO EM FITOTECNIA

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